Игра начинается сразу с четырьмя черепашками-ниндзя в команде: Леонардо, Рафаэлем, Микеланджело и Донателло, и в любой момент можно выбирать любого из них. Сами по себе черепахи практически идентичны друг другу, отличается только используемое ими оружие, которое имеет разные показатели скорости, дальнобойности и силы (например, посох Донателло обладает наибольшей дальностью действия и силой, однако скорость его очень мала). В пяти первых уровнях игрок перемещается по обзорной карте (вид сверху) и волен спускаться в канализации, заходить в здания и другие локации (вид сбоку).

Игра рассчитана на одного или двух игроков. В начале можно выбрать одну из четырёх черепашек-ниньзя: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело или Донателло. В дальнейшем сменить главного персонажа будет нельзя. Черепахи незначительно различаются между собой по скорости и дальности удара. Сражаться предстоит против футов, крысоловов, радиоуправляемых вертолётов и других персонажей, позаимствованных из мультсериала. Всего в игре 7 разнообразных сцен (уровней), в конце каждого из которых надо победить финального босса. Каждый финальный босс уникален, имеет собственные приёмы и алгоритмы движений, и, в отлтчии от обычных противников уровня, требует от одного до нескольких десятков попаданий для уничтожения. За каждого убитого противника, в зависимости от версии игры, даётся определённое количество очков. Набирая очки можно зарабатывать дополнительные жизни.