Игра начинается сразу с четырьмя черепашками-ниндзя в команде: Леонардо, Рафаэлем, Микеланджело и Донателло, и в любой момент можно выбирать любого из них. Сами по себе черепахи практически идентичны друг другу, отличается только используемое ими оружие, которое имеет разные показатели скорости, дальнобойности и силы (например, посох Донателло обладает наибольшей дальностью действия и силой, однако скорость его очень мала). В пяти первых уровнях игрок перемещается по обзорной карте (вид сверху) и волен спускаться в канализации, заходить в здания и другие локации (вид сбоку).

По ходу прохождения игрок сражается со всевозможными врагами, начиная с солдат клана футов и крысоловов, заканчивая бомбометательными дирижаблями и головорезами с цепными пилами. Уникальность игрового процесса заключается в том, что почти все враги (за исключением мини-босса Бибопа и всех финальных боссов) разделены на определённые группы, которые во время игры могут случайным образом друг друга сменять. В ходе игры время от времени будут встречаться мини-боссы, победа над ними, как правило, позволяет продвинуться дальше в прохождении. В конце каждого уровня (кроме второго) игрок сражается с главным боссом.

Каждая из черепах обладает отдельной шкалой здоровья, и как только та снижается до критической отметки, игрок волен выбрать другую черепаху и продолжить прохождение с помощью неё. И так сколь угодно раз, пока не будут побеждены все четыре. После проигрыша игрок может продолжить игру с того же уровня и с полностью здоровыми черепахами (всего доступно два продолжения). Дальше по ходу развития событий игрок может возвращать поверженных черепах обратно в команду, находя их в определённых местах уровней. Причём возвращаться они будут в таком порядке, в каком были побеждены. Единственным исключением из этого правила является уровень на реке Гудзон, где игроку приходится плавать под водой и за отведённое время обезвреживать восемь часовых бомб.