Черепашки наслаждаются отпуском в Майами и смотрят телевизионные новости, когда трансляция обрывается и на экране вместо Эйприл О'Нил вдруг появляется Шреддер. Он и Крэнг захватили остров Манхеттен, подняв его целиком в воздух, и взяли Эйприл в заложники. Черепашки прибывают в Нью-Йорк (по пути уничтожая толпы роботов-солдат), попадают на остров, проникают на Технодром и освобождают Эйприл, но Шреддер убегает на космический корабль Крэнга. Черепашки преследуют его, и на борту корабля им предстоит сразиться с Крэнгом и Супер-Шреддером.