История продолжается с того места, где закончилась игра «Ecco the Dolphin». Выясняется, что королева Вортекс не побеждена, она проследовала за Экко на Землю с целью основать новое гнездо.

Экко неожиданно теряет силы, данные ему Астеритом. Он встречает самку дельфина с необычайно длинными плавниками, по имени Треллия, которая является его потомком. Она прибыла с целью забрать Экко в своё время — далёкое будущее. Будущее Треллии — это рай для дельфинов. У дельфинов появились гелиевые мешочки, дающие им возможность летать, и телекинетические способности. Океан стал обладать собственным разумом, и потоки, образовавшиеся в небе (в «Ecco: The Tides of Time» их называют Небесными путями, а в «Ecco the Dolphin: Defender of the Future» — висящими водами), связали все водоёмы мира.

В будущем Экко встречает Астерита. Астерит говорит Экко, что что-то пошло не так. Когда Экко воспользовался машиной времени для того, чтобы спасти свою стаю, то разделил течение времени надвое. Одним вариантом будущего стала эта райская реальность. Вторым — мёртвый механический мир, опустошённый Вортексом. В этой реальности Астерит убит королевой (как он общается с Экко в этом мире, объясняется позже). После этого разговора Астерит отправляет Экко обратно в своё время.

Дождитесь загрузки и нажмите Z для запуска игры