Сюжет игры является логическим продолжением Contra III: The Alien Wars. Игрок выбирает персонажа и перемещается по уровням, уничтожая противников. В конце уровня игрока ждёт босс. Иногда промежуточные боссы появляются в середине уровня. Между уровнями происходит объяснение задания, сопровождаемое показом картинок; также диалоги присутствуют и внутри уровней — обычно в виде разговоров с боссами. В отличие от предыдущих игр серии, задние планы хорошо прорисованы и на них иногда что-нибудь происходит.