В Dr. Robotnik’s Mean Bean Machine соревнуются двое игроков, каждый из которых имеет свою собственную область, прямоугольной формы, на которую сверху падают разноцветные бобы. Игроки должны разместить четыре или более бобов одного цвета рядом друг с другом, после чего те исчезнут. Игрок проигрывает, когда бобы коснутся верха игровой площадки.
Создав цепочку реакций, игроки могут послать своему оппоненту особые бобы под названием «Refugee Beans», так же известные как «Garbage» и «Ojyama». Данные бобы не могут быть сгруппированы как обычные (то есть даже размещённые рядом по 4 они не исчезнут). «Refugee Beans» удаляются только если исчезнут соседние группы бобов.
В режиме сюжета, игрок должен сражаться против компьютерных противников, представленных в виде роботов и Доктора Роботника на протяжении постепенно усложняющихся 13 этапов.
| 
