Игра начинается с того, что Индиана, вернувшись с поисков креста Коронадо, получает задание от миллионера Донована по поиску Святого Грааля — священного артефакта, дарующего вечную молодость и бессмертие. От него же он узнает о исчезновении своего отца, Генри Джонса, также искавшего священный артефакт.
Инди путешествует по местам, встречаемым в фильме — сначала он встречается с Эльзой Шнайдер в Венеции, где поплутав по катакомбам, получает подсказку о том, где искать Грааль. Затем он следует в замок Брюнвальд, где находит своего отца, удерживаемого немецкими нацистами. Выясняется, что Эльза — агент нацистов, который похищает у Инди дневник отца — ключевой предмет, необходимый в поисках Грааля.
Сбежав из замка, Индиана и Генри направляются в Берлин, чтобы вернуть дневник, где случайно встречаются с Гитлером. Теперь у героев есть два пути — либо бежать из немецкой столицы с помощью Цеппелина, либо угнав биплан.
В конце концов, они обнаруживают храм, где скрыт Грааль. У входа их встречает Донован — ему нужна чаша, однако храм наполнен ловушками, и он отправляет вперёд Идиану, предварительно смертельно ранив Генри. Пройдя все ловушки и преодолев все испытания, Индиана добывает Чашу и спасает своего отца.
ЕСЛИ У ВАС НЕ ЗАПУСКАЕТСЯ ИГРА ОБНОВИТЕ Java
| 
