Сюжет предельно прост и в самой игре до конца не объяснён, что в общем-то характерно для аркадных игр того времени. Подробнее обо всём происходящем объясняется в небольшом комиксе, идущем в комплекте с Werewolf: The Last Warrior. Суть сводится к тому, что мир захватил безумный учёный Лоуренс Фэрьян (англ. Lawrence Faryan), поработив людей с помощью армии био-мутантов. И, естественно, миссия по спасению мира ложится на плечи одного единственного героя, но не простого человека, а оборотня.