The Punisher — это шутер от третьего лица. Игровой процесс напоминает Operation Wolf: камера медленно перемещается вдоль уровня, на котором появляются противники, управляя курсором-прицелом, игрок отстреливает врагов и собирает бонусы. Однако в отличие от Operation Wolf, в котором присутствовала возможность вести огонь из светового пистолета, The Punisher управляется исключительно джойстиком. Каратель способен перемещаться вдоль нижней кромки экрана, тем самым уходя с линии огня и меняя собственный угол атаки.

Местом действия являются районы Нью-Йорка. На уровнях присутствует множество предметов, которые можно разрушить и получить при этом бонус. В игре 6 миссий, каждая из которых разбита на несколько этапов, завершающихся схваткой с боссом. В качестве финального босса выступает Амбал (The Kingpin), бой с ним отличается крайней сложностью.