История начинается с поединка на мечах, в ходе которого один из дуэлянтов сражает другого. Вскоре после этого молодой Рю получает прощальное предсмертное письмо от отца, Кена Хаябусы, в котором тот просит сына поехать в Америку и разыскать археолога по имени Уолтер Смит. Едва пересёкшего океан героя выстрелом из газового пистолета усыпляет таинственная незнакомка — позже эта же девушка отдаёт ему зловещего вида статуэтку и помогает сбежать из плена неизвестных похитителей. Рю посещает Уолтера, престарелый учёный рассказывает о двух статуэтках, света и тьмы, которые вместе с Кеном когда-то обнаружил среди древних руин Амазонии. Также он упоминает легенду, по которой статуэтки являются вместилищем злого демона-пришельца, 700 лет назад побеждённого и запечатанного отважными синоби. Рю показывает археологу недавно полученную статуэтку тьмы, но в комнате внезапно появляется грабитель и вырывает её из рук персонажей, после чего пытается скрыться. Герой преследует и побеждает незваного гостя, однако по возвращении выясняется, что на дом Уолтера было совершено ещё одно нападение — похитили хранившуюся у него статуэтку света. Умирающий старик предостерегает о возможной катастрофе, если оба реликта окажутся в плохих руках. Сразу после смерти Уолтера в комнату заходят вооружённые пистолетами люди в чёрном и вынуждают Рю проследовать вместе с ними.

Незнакомцы оказываются агентами ЦРУ, в комнате допроса с героем говорит некто Фостер, глава специального разведывательного отдела. Фостер рассказывает о храме в чащобах амазонских лесов, построенном около 2000 лет назад. Уолтеру удалось найти этот храм, но, узнав о возможности высвобождения демона, археолог решил запечатать его, чтобы никто больше не раскрыл эту тайну. Несмотря на это, всё внимание агентов сосредоточено сейчас на человеке по имени Гуардиа де Мье, больше известном как Джакио, который каким-то образом всё-таки смог попасть внутрь. После захвата обеих статуэток он планирует пробудить древнего демона и с его помощью получить власть над всем миром. Фостер приказывает Рю отправиться в храм и ликвидировать нарушителя мирового спокойствия. По прибытии персонаж выясняет, что злодей удерживает в заложницах девушку, недавно отдавшую ему статуэтку тьмы. Из-за угрозы расправы над ней герою приходится сложить оружие и отдать реликт, после чего он попадает в ловушку и оказывается в катакомбах.

Рю преодолевает тяжёлый и опасный путь от основания храма к самым вершинам и побеждает кровавого Мальта, про́клятого воина, являющегося правой рукой Джакио. Перед смертью Мальт сообщает, что именно он сражался с отцом Рю на дуэли, и Кен на самом деле не погиб — встреча с ним ожидает протагониста в самом ближайшем будущем. Достигнув вершины храма, Рю действительно обнаруживает своего отца живым, тем не менее, тот находится под контролем зловещего изваяния. Герой разрушает выступающую из стены скульптуру, и Кен приходит в сознание. Радость встречи длится недолго — в покоях появляется сам Джакио и мощным магическим ударом пытается убить Рю, но выстрел принимает на себя Кен и, получив тяжёлое ранение, спасает тем самым сына. Яростный поединок между Рю и Джакио заканчивается смертью последнего, однако одновременно с этим происходит лунное затмение, и статуэтки превращаются в гигантских размеров демона. После победы над чудовищем храм начинает рушиться, Кен понимает, что его ранение не совместимо с жизнью, и просит сына спасать девушку. Эпилог начинается разговором между девушкой и Фостером, по спутниковой связи начальник приказывает ей убить Рю и забрать у него демонические статуэтки — она же, нарушая приказ, выбрасывает телефон. Спасённая называет спасителю своё имя — Ирэн Лью, и двое с вершины скалы наблюдают за восходящим солнцем.