Действие игры начинается в вымышленном городе Нео-сити в 1992 году. Там находится центр оперативного продиводействия организованной преступности, именуемый Contra Force, во главе которого находится человек по фамилии Бёрнс. Перед оперативниками поставлена задача уничтожить криминальный синдикат под названием D.N.M.E. Бёрнсу звонит некто Фокс (Fox), информатор, и сообщает, что неизвестные угрожают руководителю разведки. Бёрнс назначает информатору встречу, чтобы узнать больше подробностей. Однако, когда Бёрнс прибывает в порт, где была назначена встреча, выясняется, что Фокс уже мёртв. Бёрнса и его отряд внезапно атакуют вооружённые бандиты. Теперь герои должны очистить город от террористов.