Castlevania III вновь возвращается к игровому процессу первой части, однако в третьей части появился нелинейный сюжет. В нескольких местах игроку предстоит сделать выбор — каким путем идти дальше, что повлияет на итоговую концовку игры.

В игре есть два основных пути, которые длятся на протяжении пятнадцати стадий, некоторые из которых необязательны. Каждая линия занимает по девять стадий (плюс одна необязательная). Верхний путь проходит через озеро к главному мосту и воротам замка Дракулы, нижний путь проходит через подземные туннели и пещеры. Кроме того, нижний путь имеет собственную небольшую сюжетную развилку. Оба пути вновь сходятся в главном зале замка.

Hard Mode — После победы над Дракулой, вы начнёте игру заново, но с повышенной сложностью. Враги стали сильнее, заместо голов Медуз, летают черепа которые хаотично перемещаются по воздуху. При этом враги отнимают у вас больше энергии.