Игровой процесс по своей форме схож с серией игр Teenage Mutant Ninja Turtles, а также с остальными играми жанра избей их всех, разработанными Konami. Каждый персонаж может атаковать, прыгать, а также поднимать и бросать определённые предметы, такие как кирпичи или бочки. Кроме того, у каждого героя есть своя особая атака и способность блокировать определённые виды атак. Большинство противников, которые встречаются на пути, как правило погибают всего от нескольких ударов. В конце каждого уровня (в некоторых случаях – в середине) происходит встреча с боссами, которые оказывают более серьёзное сопротивление. Среди боссов в игре встречаются такие персонажи как Клоу, Живой лазер, Вихрь, Волшебник, Смерть, Джаггернаут, Мандарин, Ультрон, Скелет и Красный Череп. Остальные Мстители, такие как Оса, Ртуть, Чудо-человек и Нэмор выполняют лишь эпизодические роли.